INSA noterar dock i sin veckorapport att det på grund av att beredskapsläget upphörde den 1 oktober och att testningen därför ändrades "skedde en kraftig minskning av förekomsten och värdet av Rt som kanske inte motsvarar en verklig minskning".
Uppskattningar från Ricardo Jorge National Institute of Health visar att överföringsindexet den 6 oktober låg på 0,63 och den 15 oktober steg till 0,92.
Det genomsnittliga värdet av Rt (effektivt reproduktionsantal) mellan den 11 och 15 oktober var 0,88. Det verkliga värdet ligger mellan 0,87 och 0,89 med en konfidensgrad på 95 procent.
Rapporten visar en ökning av överföringsindexet i alla regioner i landet jämfört med föregående vecka, med ett beräknat Rt på 0,84 i norr, 0,88 i centrum, 0,89 i Lissabon och Vale do Tejo, 0,79 i Alentejo och 0,80 i Algarve.
Endast Azorerna (1,09) och Madeira (1,22) har ett överföringsindex över tröskelvärdet 1 enligt uppgifterna.
Enligt INSA:s beräkningar hade 5 512 398 fall av Covid-19 inträffat i Portugal fram till den 15 oktober.
I den europeiska jämförelsen har Portugal en 14-dagars kumulativ anmälningsfrekvens mellan 120 och 239,9 fall per 100 000 invånare och ett Rt lägre än 1, en "hög anmälningsfrekvens med en minskande trend".