Antalet olagliga migranter var 57 procent högre än 2020, då restriktioner som infördes av Covid-19-pandemin drastiskt minskade migrationen, men också 36 procent högre än 2019, säger Frontex i ett uttalande.
Antalet personer som olagligt kom till EU 2021, "strax under 200 000", är nu högre "än nivåerna före pandemin", tillade den Warszawabaserade byrån.
"Detta tyder på att andra faktorer än upphävandet av restriktionerna på den globala rörligheten ligger bakom det ökade migrationstrycket", sade Frontex.
Under 2021 var en ny faktor inflödet av migranter, främst från Mellanöstern, genom Vitryssland, i vad EU anser vara en operation iscensatt av Minskregimen.
Frontex observerade också en kraftig ökning av ankomsten av migranter via centrala Medelhavet, västra Balkan och Cypern.
Den viktigaste rutten för migranter var centrala Medelhavet, dit 65 362 olagliga migranter anlände, vilket är ungefär en tredjedel av det totala antalet migranter. Från ett år till ett annat var ökningen 83 procent på den rutten, enligt Frontex.
Västra Balkan såg en ökning med 124 % jämfört med 2020 och nådde 60 540 olagliga migranter. På Cypern registrerades 14 400 ankomster, 123 procent fler än året innan.
Förra året var syrierna flest bland de illegala migranterna, följt av tunisier, marockaner, algerier och afghaner.