Enligt uppgifter på ANA - Aeroportos de Portugals webbplats ställdes tre flyg som trafikeras av TAP med utgångspunkt i Lissabon och Porto och ytterligare tre flyg som trafikeras av Jet2.com med utgångspunkt i Storbritannien in på grund av de starka vindarna.
Flygplatsverksamheten i skärgården har varit begränsad sedan i lördags.
Det portugisiska institutet för hav och atmosfär (IPMA) har gett sydkusten på Madeira och Porto Santo en gul vädervarning på grund av hög sjö fram till klockan 15.00 i dag.