Efter att ha fått ett larm från allmänheten vid 9.30-tiden mobiliserade myndigheterna sjöpolisen och medlemmar av livräddningsstationen i Olhão, som tog upp kroppen ur vattnet.
I ett samtal med Lusa sade hamnkaptenen i Olhão, Alexandre Algarvio, att "kroppen identifierades" med hjälp av dokumentation som han hade i sin ägo.
"Vi kunde identifiera kroppen. Han är en 62-årig man med moçambikanskt medborgarskap och bosatt i Olhão", detaljerade han.
Enligt samma källa visade kroppen "inga synliga tecken på våld, dödsorsakerna är okända".
Liket transporterades till Instituto Médico-Legal i Faro för att fastställa dödsorsakerna.