Varningar för perioder med "regn eller skurar, ibland kraftiga och åtföljda av åskväder", har varit i kraft sedan 6:23 i dag i alla distrikt, utom Bragança, där kraftigt regn förväntas först från middagstid.
I Castelo Branco, Guarda och Bragança gäller den gula varningen fram till kl. 21.00, medan det i distrikten Viseu, Vila Real, Santarém och Portalegre förväntas fortsätta att regna fram till kl. 18.00.
I Braga, Coimbra, Beja, Viana do Castelo, Porto och Évora förväntas kraftigt regn fortsätta till kl. 15, i Aveiro, Leiria och Faro till kl. 12, och i Lissabon och Setúbal förväntas det upphöra i mitten av morgonen.
I distrikten Viseu, Guarda, Santarém, Leiria, Castelo Branco, Aveiro och Coimbra väntas kraftiga regn återkomma på söndag.
IPMA placerade också flera distrikt under gul varning för söndag på grund av risken för starka vindar från den södra kvadranten i kustremsan, med vindbyar som kan nå 80 kilometer per timme.
Detta är fallet med Braga, Coimbra, Aveiro, Leiria, Viana do Castelo och Porto.
De högsta temperaturer som förutspås för idag på Portugals fastland kommer att variera mellan 15 grader Celsius i Guarda och 25 i Beja, Setúbal, Santarém och Aveiro.
Minimitemperaturerna kommer att ligga mellan 12 grader Celsius i Vila Real, Viseu och Guarda, och 19 grader i Aveiro.