Miguel Oliveira, från Almada, kraschade illa i kurva fyra på den indonesiska Mandalika-banan och förklarades olämplig av mästerskapets läkare.
Oliveira fördes till ett lokalt sjukhus för att genomgå ytterligare tester för att avgöra om han behöver genomgå en operation för att korrigera frakturen.
"Han kommer att genomgå en tredimensionell CT-scanning på sjukhuset i Mataram för att bedöma behovet av operation", meddelade det nordamerikanska teamet Trackhouse.
Detta blir det första loppet som portugisen missar den här säsongen på grund av skada.
Oliveira, 29, ligger för närvarande på 14:e plats i MotoGP World Championship med 71 poäng.
Spanjoren Jorge Martin (Ducati) leder tävlingen med 24 poängs försprång till italienaren Francesco Bagnaia (Ducati).