I ett uttalande säger IPMA att den gula varningen utfärdades mellan midnatt och lunchtid på lördagen för nord- och sydkusten och bergsområdena på öarna Madeira och Porto Santo.
Prognoserna visar på förekomsten av ibland kraftiga regnskurar, som kan vara i form av hagel, åtföljda av åskväder.