De Australiër Herbert klaarde de klus op de tweede extra hole door te herstellen van een foutieve tee-shot en te "holen" vanaf 12 voet om de herinnering aan de reisproblemen, waardoor hij te laat in Japan aankwam, te verdrijven.
Extra holes waren nodig nadat beide spelers het toernooi eindigden op 15 onder par na een spannende laatste ronde in het historische eerste evenement dat gezamenlijk werd georganiseerd door de DP World Tour en de Japan Golf Tour Organisation.
De overwinning brengt Herbert naar de vierde plaats op de Race to Dubai Rankings in partnership met Rolex en bezorgt hem zijn eerste titel sinds de Dubai Duty-Free Irish Open van 2021.
Hij zei: "Het is geweldig. Omdat ik dit jaar aan boord ben gekomen als ambassadeur van ISPS Handa, is het geweldig om een evenement te winnen met hen als titelsponsor.
"Het is een echte eer. En om terug in Japan te zijn en te winnen. Ik ben hier zo vaak geweest en vond het geweldig, dus om hier terug te komen en te winnen, betekent veel.
"Ik denk dat het cool is om overal te kunnen winnen en veel goede herinneringen te hebben aan alle plekken in de wereld waar je hebt gespeeld."
Over de up-and-down die hem de overwinning op de tweede play-off hole opleverde, zei Herbert: "Behoorlijk speciaal. Ik had veel geluk daar aan de rechterkant om een goede ligging te krijgen nadat we hem hadden laten vallen.
"Nick (caddie Nick Pugh) gaf me het nummer en het was eigenlijk perfect. Het was precies wat je zou willen van die leugen.
"Dus het was goed om er een goed schot in te slaan. En toen trilde mijn hand helemaal om de putt op de lijn te krijgen, en om hem erin te laten vallen was best cool." DP World Tour