"Trots vissa framsteg har full efterlevnad ännu inte uppnåtts", understryker kommissionen i ett uttalande, som kan ta ärendet till EU-domstolen om den bristande efterlevnaden fortsätter.
Det motiverade yttrandet - det andra steget i överträdelseprocessen - "gäller 18 tätorter i Portugal", som Bryssel inte identifierar.
Enligt uttalandet "garanterar Portugal i 15 av dessa tätorter inte sekundär eller likvärdig rening av avloppsvatten från tätbebyggelse som släpps ut i uppsamlingssystem innan det släpps ut".
I de återstående tre släpps avloppsvattnet ut i känsliga områden utan att genomgå en mer rigorös tertiär rening.
Ouppsamlat eller obehandlat avloppsvatten kan äventyra människors hälsa och förorena sjöar, floder, mark, kustvatten och grundvatten.