Han var det yngsta av nio barn i en familj av lägre adel, där hans far var greve Landulph av Aquino och hans mor grevinnan Theodora av Teano. Hans tidiga utbildning inleddes vid klostret Monte Cassino när han var bara fem år gammal, där han visade prov på en nyfiken natur och ofta ifrågasatte Guds natur.

Vid 13 års ålder återvände han på grund av politiska omständigheter till Neapel för att fortsätta sin utbildning. Där studerade han under benediktinerna och utvecklade ett stort intresse för filosofi, i synnerhet Aristoteles verk. År 1243 anslöt sig Thomas i hemlighet till prästbrödernas orden (dominikanerna), vilket ledde till en konflikt med hans familj som försökte avråda honom från detta genom att hålla honom fången i ett år.

Efter frigivningen 1245 återupptog han sina studier hos dominikanerna i Neapel och flyttade senare till Paris och Köln. Han doktorerade i teologi under den helige Albert den store och blev en känd lärare vid universitetet i Paris. Under hela sitt liv skrev Aquino mycket om teologi och filosofi, framför allt i verk som "Summa Theologica", där han försökte förena tro och förnuft.

Aquinos teologiska bidrag var betydelsefulla under en tid då de lärde debatterade förhållandet mellan tro (teologi) och förnuft (filosofi). Han hävdade att båda typerna av kunskap härstammar från Gud och kan samexistera harmoniskt.